玩家可以通过主控室的重构功能对已建造的房间进行位置调整或拆分合并操作。这一功能允许玩家在不拆除重建的情况下重新规划避难所布局，是优化空间利用的关键机制。进入重构界面后，选中目标房间即可拖动至新位置，但需确保电梯与其他房间保持连通，否则系统会提示保存失败。对于已合并的大房间，也可拆分为原始小房间重新摆放，为后期功能分区调整提供便利。
房间排列的核心规则基于每层18格的空间分配。除首层16格外，标准层需预留1格电梯位置，剩余17格可容纳8个2格基础房间或组合成5-6个中大型房间。最优配置通常采用2个三联大房间+1个双联中房间+1部电梯的模式，这种排列既能满足生产效率，又能保留应对突发事件的缓冲空间。电力、净水厂等资源设施建议采用三联设计提升产量，而培训室等功能建筑则适合双联布局。
中期布局调整时需考虑属性协同效应。将相同工作属性的房间纵向排列（如多层电力层），便于集中管理高属性居民；培训区域建议设置在中间楼层，缩短与工作区的拖动距离；起居室等低频操作区域可布置在边缘位置。特别注意第一层应配置高战斗力居民和防御设施，死爪入侵时单间隔离布局比大房间更能延长输出时间。资源类建筑升级优先度高于宿舍等非生产设施，但需保留足够未开发空间为核电站等高级建筑做准备。
后期深度优化需平衡操作效率与灾害防控。三联房间虽提升产量但会扩大灾害影响范围，可在关键区域保留部分双联房间作为隔离带。储藏室建议分散布置在底层，每间配备1名满级居民应急；医疗和科研设施应临近训练区，方便属性调配。巧手先生机器人应避开首层危险区域，安排在中间层的资源生产区实现离线采集。重构功能虽支持任意调整，但频繁改动会导致资源浪费，建议积累足够瓶盖后再进行大规模改造。
系统并未强制规定唯一正确布局，玩家可根据管理习惯灵活调整。但需注意三个基本原则：电梯必须贯通各层确保居民移动；同类型生产设施尽量集中；训练区与工作区保持合理距离。通过多次重构尝试，最终形成的个性化排列方案往往比标准化模板更具实用性，这也是游戏策略深度的体现。
